La differenza principale riguarda l’estensione territoriale della tutela che si vuole dare al proprio marchio: con la registrazione nazionale il marchio sarà tutelabile solo in Italia, con la registrazione presso EUIPO il marchio sarà tutelabile in tutti i paesi della UE compresa l’Italia, con il marchio internazionale registrabile presso WIPO si potranno scegliere a livello mondiale i paesi in cui tutelarlo. Condizione per la registrazione internazionale è che per il marchio sia già stata presentata una domanda nazionale o nell'Unione Europea.

A seconda della tipologia di registrazione ci sono notevoli variazioni di tasse di concessione e le procedure sono diverse e gestite da enti diversi: il marchio italiano è gestito da UIBM (Ufficio italiano brevetti e marchi), il marchio comunitario è gestito da EUIPO (Ufficio dell'Unione europea per la proprietà intellettuale), il marchio internazionale è gestito da WIPO (World Intellectual Property Organization - Organizzazione mondiale per la proprietà intellettuale).